Die Naturschutzgebiete Bayern nehmen eine Fläche von insgesamt 160.000 Hektar ein, das sind insgesamt 2,25 Prozent der Gesamtfläche des Bundeslandes. Die Regierungsbezirke Oberbayern und Schwaben beheimaten den Mammutanteil der Naturschutzgebiete Bayern. Insgesamt sind fast 120.000 Hektar schützenswerte Natur zu bestaunen, welche überwiegend in den herrlichen Landschaften der Alpen zu finden sind. Oberfranken hat flächenmäßig gesehen nur einen relativ geringen Anteil der Naturschutzgebiete Bayern, hier sticht jedoch die Anzahl der unter Naturschutz stehenden Bereiche mit 97 einzelnen Gebieten hervor. Die Lange Rhön und die schwarzen Berge in Unterfranken und die Regentalaue zwischen Cham und Pösing sind die drei größten Naturschutzgebiete Bayern, die nicht Schwaben und Oberbayern zugeteilt sind.

Die Naturschutzgebiete Bayern bedürfen eines ganz besonderen Schutzes ihrer Landschaft. Es befinden sich dort meist schützenswerte Biotope mit seltenen Pflanzenarten oder sie beheimaten wild lebende Tierarten, deren Erhaltung ohne Unterstützung gefährdet wäre. Auch die Natur selbst kann wegen außerordentlich interessanter geschichtlicher Hintergründe, ganz besonderen Eigenarten oder unvergleichlicher Schönheit zur Benennung als Naturschutzgebiet beitragen.

Damit die Naturschutzgebiete Bayern noch für lange Zeit in ihrem jetzigen Zustand erhalten bleiben können, unterliegen sie gewissen Auflagen. Soweit sich Teile der Naturschutzgebiete Bayern in privatem Besitz befinden, muss selbst der Eigentümer Einschränkungen in der Nutzung in Kauf nehmen. Zwar sind die Naturschutzgebiete Bayern der allgemeinen Öffentlichkeit nicht verwährt. Man ist als Gast jedoch angehalten, sich nur auf den ausgezeichneten Wegen zu bewegen und die Natur nicht zu beeinträchtigen. In der Theorie sind diese Grundsätze zwar angemessen, in der Praxis jedoch hapert es leider oftmals in der Umsetzung.