Der Fischotter wird, wie in der gesamten Bundesrepublik, auch in Schleswig-Holstein auf der Roten Liste für vom Aussterben bedrohte Tierarten aufgeführt. Dem deutschen Naturschutzgesetz zufolge steht der Fischotter unter strengstem Schutz, seit 1968 ist die Jagd auf die Tiere verboten. Fischottermännchen unternehmen bei der Nahrungssuche ausgedehnte Streifzüge, sie wandern in der Regel zwischen 10 und 40 Kilometer, selten sogar bis zu 70 Kilometer weit. Schleswig-Holstein gilt als wichtiger Verbindungweg der Tiere zwischen Dänemark und Mecklenburg-Vorpommern, deswegen schreibt das Naturschutzgesetz hier zahlreiche Schutzmaßnahmen vor.

Der Fischotter bevorzugt flache Fliessgewässer mit dicht bewachsenen Ufern als Lebensraum. Da diese Landschaftsform durch Kultivierungsmaßnahmen immer mehr zurückgeht, sieht das Naturschutzgesetz vor, bestehende Rückzugsräume für den Fischotter zu erhalten. Dazu gehören die Naturbelassenheit der Ufergehölze und der Gewässergründe. Desweiteren beinhaltet das Naturschutzgesetz die Schaffung bzw. Wiederherstellung von Lebensräumen, um eine Verbreitung des Fischotters zu ermöglichen. Gewährleistet wird dies durch Renaturierungsmaßnahmen und eine Verbesserung der Wasserqualität.

Auch die Binnenfischerei in Schleswig-Holstein stellt eine Gefahr für Fischotter dar, da diese sich in den Reusen verfangen können. Deshalb wird die Verwendung von Reusengittern empfohlen. Diese verhindern, dass der Fischotter in den Fangsack hineinschwimmt. In Deutschland schreibt das Naturschutzgesetz die Reusengitter nicht ausdrücklich vor, doch in der Fischereiverordnung von Schleswig-Holstein sind Fangmethoden festgelegt, die den Fischotter schonen.